A Junta Diaconal é formada por oficiais eleitos e por auxiliares que se dedicam à manutenção do templo, ordem do culto e também do cuidado aos necessitados .

“São chamados pelo próprio Deus para o ofício, que se devotam à obra de administrar as misericórdias de Cristo aos pobres e necessitados.” Douglas Kuiper

A Junta diaconal assiste instituições sociais como:
ABRIGO PRESBITERIANO – Instituição de longa permanência para senhoras idosas situada no bairro do Lins.
LAR SAMARITANO – Local de acolhimento para idosos de ambos os sexos, em São Gonçalo.
INPAR – Instituto Presbiteriano Álvaro Reis de Assistência a Criança e ao Adolescente, situado na Cidade de Deus, Jacarepaguá.
ABRE – Associação Beneficente de Reabilitação Evangélica – oferece exames e fisioterapia de reabilitação a preços populares.
CASA DE MARIA E MARTA – Projeto que oferece às crianças da comunidade Dona Marta em Botafogo, reforço escolar, cultura (música e dança), aulas de inglês e informática, três refeições diárias, mas principalmente educação religiosa.
MINISTÉRIO DE CAPELANIA – Ministério formado por membros da IPGávea que atua no Hospital Federal da Lagoa, levando a Palavra de Deus para conforto e ânimo aos pacientes internados.

A Junta Diaconal está atenta a momentos de crise social e, durante a pandemia, prestou assistência a inúmeros indivíduos e famílias

Campanhas específicas: A Junta Diaconal conclama a igreja para contribuir e prestar socorro quando ocorrem calamidades na cidade e também em outras regiões.